A cianobaktériumok (más néven kékalgák vagy kékmoszatok) bakteriális szerveződésűek, sejtjeik sejtmag nélküliek (prokarióták). A cianobaktériumok kék színét a fikocianin adja, de gyakran a vörös színű fikoeritrin elnyomja a fikocianin kék és a klorofill zöld színét. A legősibb fotoszintetizáló szervezetek, mintegy hárommilliárd évvel ezelőtt jelentek meg a világóceánokban és kezdték meg oxigéntermelésükkel az akkor még oxigén-mentes földi környezet átalakítását. Tengerekben és édesvizekben, így a Balatonban is elterjedtek, gyakoriak, sőt néha tömegesek.
A cianobaktériumok elszaporodásának időszaka a nyár, ami szerencsétlen módon egybeesik a tó legintenzívebb turisztikai igénybevételével. A Balaton uralkodó cianobaktérium fajai képesek a légköri molekuláris nitrogén megkötésére, ezáltal előnyre tesznek szert a többi algával szemben. Általános tapasztalat, hogy a kékalga-tömegprodukciók kialakulása szorosan összefügg az időjárással. Feltehetően az egyes évek meteorológiai különbségei játszanak döntő szerepet abban, hogy azonos külső tápanyagterhelés mellett a tó algásodottságának mértéke egyik évről a másikra akár két-háromszoros különbséget mutathat.
A part mentén, lokálisan nagy tömegben összesodródhatnak a víz felszínén. Ha ilyet látunk, érdemes odafigyelni, egyes formáik ugyanis termelhetnek méreganyagokat is, amelyek bőr- és nyálkahártya irritációt okozhatnak.
