A Balaton másfél évszázados tanulmányozása során mintegy 70 kerekesféreg, 67 Cladocera, 32 Ostracoda és 20 Copepoda taxont mutattak ki a tó különböző élettájaiból, de ezek közül csupán 29 az eupelágikus (igazi nyíltvízi) kerekesféreg, és 18 az eupelágikus rákfajok száma.
A kerekesférgek jellegzetes balatoni genusza a szűrő-ülepítő életmódú Keratella. Mennyiségi szempontból az Eudiaptomus gracilis (Calanoida, Copepoda) a tó uralkodó planktonikus rákja, amely 11 lárvastádiumon át fejlődik ivaréretté, és egyedei a teljes rákplanktonnak 40-80%-át teszik ki. Az E. gracilis generációs ideje a Balatonban nyáron 3 hét, télen 2 hónap. Ez a faj jellemzően a 10-80 mikrométeres fitoplanktont fogyasztja. A Copepoda rákok további két jellegzetes, kifejlett korukban ragadozó képviselője a Cyclops vicinus és a Mesocyclops leuckarti. Anyagforgalmi szempontból jelentősek a rövid generációs idejű (6-7 nap), nyáron szűznemzéssel szaporodó, baktérium és mikroalga szűrő Cladocera rákok (Daphnia, Diaphanosoma, Bosmina fajok) is, mert rövid idő alatt képesek nagy tápláléktömeget elfogyasztani. Táplálékuk mérettartománya 0,8 – 20 mikrométer. A Cladocera-k a gyakori viharok során felkeveredett emészthetetlen ásványi üledékszemcséket is automatikusan kiszűrik és bekebelezik. Ilyenkor táplálkozásuk hatékonysága jelentősen romlik, egyedfejlődésük lelassul.
Keratella cochlearis tecta Gosse (Rotatoria) a Balatonból (fotó: ELKH BLKI)
Eudiaptomus gracilis G.O. Sars (Crustacea, Copepoda, Calanoida) a Balatonból (fotó: ELKH BLKI)
Cyclops vicinus Uljanin (Crustacea, Copepoda, Cyclopoida) a Balatonból (fotó: ELKH BLKI)
Daphnia cucullata G. O. Sars (Crustacea, Cladocera) a Balatonból bekebelezett mészkristály tömeggel telt béltraktussal (balra), és azok 0,1 N sósavval történt kioldása után (jobbra, a keletkezett CO2 buborék is látható; fotó: ELKH BLKI)
Bosmina coregoni Baird (Crustacea, Cladocera) a Balatonból (fotó: ELKH BLKI)
Diaphanosoma bracyurum Liévi (Crustacea, Cladocera) a Balatonból (fotó: ELKH BLKI)