A Balatonban jelenleg 35 halfaj és a hibrid busa alkotja a halállományt. Emellett az északi part mentén gyakori a bodorka és a dévérkeszeg hibridje, illetve a tó nyugati részének nyíltvízén ritkábban találkozhatunk még a küsz és a dévérkeszeg hibrid egyedeivel is. Jelenleg 18 őshonos halfaj és 6 idegenhonos halfaj rendelkezik biztosan önfenntartó állománnyal a Balatonban. További külső forrásból történő bejutás nélkül, az itt nem szaporodó, nagyon hosszú életű angolna várhatóan egy évszázad alatt tűnhet végleg el a tóból. További 8 őshonos fajnak vélhetően nincs a tóban belső szaporulata, csak besodrodó/felvándorló egyedeikkel találkozhatunk. A 9 idegenhonos halfajból a három gébfaj a Duna vízgyűjtőjén folyó terjedésük révén spontán betelepülőnek tekinthető. Minthogy jelenlegi ismereteink szerint, talán még nem rendelkezik belső szaporulattal az idegenhonos busa és amur (Ctenopharyngodon idella) sem, így felelős halgazdálkodás mellett lehet esély a kiszorulásukra.
